加薩援助物資船隊的主辦單位「全球薩穆德船隊」（Global Sumud Flotilla）於5月22日發表聲明指出，多名先前在國際海域遭以色列部隊逮捕並拘留的志工和社運人士表示，在羈押期間遭受虐待與性侵害。主辦方表示，目前已記錄至少15起涉及性虐待的案例。對此，以色列監獄管理局否認相關指控。但德國政府表示，部分德國籍人士在拘留期間確實受傷，並稱部分指控內容相當嚴重，值得進一步調查。

部分獲釋人士表示，他們在臨時改建為監獄的登陸艇及貨櫃內，曾遭受毆打、電擊槍攻擊、強迫脫衣搜身與帶有性羞辱的言語對待，甚至被關押在缺乏飲用水、環境惡劣的空間中。抵達陸地後，部分人還被迫跪地數小時，並在監獄中遭受剝奪睡眠等對待。

針對相關虐待指控，聯合國發言人已公開表達高度關切。此前，以色列國家安全部長班吉維爾（Itamar Ben-Gvir）曾拍攝影片公開嘲諷遭壓制在地上的志工，此舉引發國際強烈批評，義大利外交部長塔亞尼（Antonio Tajani）更對此表示，目前正與歐盟各國外交部長保持聯繫，以推動對班吉維爾實施制裁。