川普政府對哥倫比亞大學（Columbia University）採取了前所未有的行動，要求該校對「中東、南亞與非洲研究系」進行全面改革，作為獲得聯邦資助的條件之一。這項要求包括將該系納入「學術監管」至少五年，這一舉動在學術界引發強烈反彈，許多人認為這是對學術自由的嚴重打擊，甚至比麥卡錫時代（McCarthy era）還要激進。

政府方面則表示，由於哥倫比亞大學未能有效應對校園內的反猶太主義，並對親巴勒斯坦的抗議活動處理不當，因此要求該校做出整頓。政府更進一步要求校方禁止學生在校園內佩戴遮蓋身份或有恐嚇意味的面具、採用新的反猶太主義定義、廢除現行的學生懲戒程序，並改革招生政策。

哥倫比亞大學現在正面臨來自政府的巨大壓力，此前川普政府以該校在處理反猶太主義問題上「持續不作為」而取消其4億美元合約，目前也在審查另外的補助撥款。校方表示會致力於促進學術使命、支持學生，以及應對校園內一切形式的歧視和仇恨，同時審慎評估政府的要求。

學術界普遍認為此舉是對大學自主權的嚴重侵犯，並擔憂這將對其他接受聯邦資助的大學產生寒蟬效應。法律專家也譴責此舉，認為政府的要求可能超越了聯邦政府的權限，並侵犯了學術自由和美國憲法第一修正案。