以色列外交部在教宗方濟各逝世後，於X平台發布一篇簡短的哀悼訊息，但數小時後將其刪除，此舉反映出以色列與梵蒂岡之間日益升高的緊張關係。這種緊張情勢源自於教宗方濟各對加薩戰爭期間以色列各種行動的批評，以及他呼籲調查以色列可能犯下的戰爭罪行。

儘管全球各地都在哀悼教宗的逝世，但以色列總理納坦雅胡和外交部長薩爾至今保持沉默，僅有以色列象徵性的國家元首艾薩克·赫爾佐格發表了哀悼聲明。

以色列將僅派駐梵蒂岡大使出席教宗的葬禮，以國外交部表示，這是因為行程安排的關係，而非與梵蒂岡關係緊張所致。

過去，以色列與梵蒂岡的關係曾一度改善，尤其是在教宗方濟各2014年訪問以色列聖地期間，但近來隨著區域衝突升溫，雙方關係也逐漸惡化。分析人士指出，教宗對戰爭的看法並未被以色列領導人充分理解，他對和平的呼籲和對人道主義的關注，以及針對以色列軍事行動的評論，讓他被以色列領導層視為一個具有爭議性的人物。